Idee: Es könnte an der Groß-/Kleinschreibung der Tabellen liegen. Einfach in der my.ini den Schalter für ignorecase setzen.

@rheydenr Danke für die schnelle Reaktion! Top! - Wo finde ich die my.ini? - Nach dem nächsten Frust-Bier probiere ich es dann aus und gebe Rückmeldung.

Also, eine my.ini finde ich bei mir nicht. Kann es sein das folgende Datei gemeint ist:
/etc/mysql/mysql.conf.d/mysqld.cnf
Darin habe ich
lower_case_table_names=2
unten angefügt und anschließend mit
sudo systemctl restart mysql
Mysql neu gestartet. - Hat aber leider njchts gebracht

Schau mal bitte in das Logfile unter ~/.fakturama2/.metadata/.log, ob da was steht.

Du kannst den Wert auch mal auf 1 setzen. Dann mußt Du aber die Datenbank nochmal leeren (oder neu anlegen).

Ich hatte zuerst den Wert auf "1" gesetzt, da spuckte aber das Terminal nach dem restart von Mysql bereits irgendeine rote Meldung aus. Daraufhin habe ich dann die "2" gesetzt.
Hier nun die letzten Zeilen des ellenlangen Logfiles:
____
!ENTRY com.sebulli.fakturama.common 4 0 2024-12-28 14:32:08.884
!MESSAGE c.s.f.LifecycleManager.checksBeforeStartup:158|couldn't create or update database!
!SESSION 2024-12-28 15:42:41.195 -----------------------------------------------
eclipse.buildId=2.2.0.202412271639
java.version=17.0.13
java.vendor=Eclipse Adoptium
BootLoader constants: OS=linux, ARCH=x86_64, WS=gtk, NL=de_DE
Command-line arguments: -os linux -ws gtk -arch x86_64

!ENTRY com.sebulli.fakturama.common 4 0 2024-12-28 15:42:44.876
!MESSAGE c.s.f.LifecycleManager.checksBeforeStartup:158|couldn't create or update database!
____

Zum Schluß das eklige "couldn't create or update database!" - was ja beim Einrichtungstest in wunderschönem grün leuchtet und auch via PHPmyadmin, etc. kann ich prima auf die DB zugreifen.

Ok, ich hab's jetzt auf meinem Debian mal ausprobiert. Es hat wirklich funktioniert. Beim Umstellen von MySQL ist mir diese Anleitung sehr behilflich gewesen. Wichtig ist, daß wirklich alles erst mal restlos weggeputzt wird. Außerdem braucht der Datenbank-User nicht nur Select- und Create-Rechte, sondern auch Index. Zusammen mit der ignore-case-Einstellung hat das zu einem lauffähigen Programm geführt...

Hier ist noch der aktuelle Downloadlink: https://files.fakturama.info/beta/Installer_Fakturama_linux-amd64_2.2.0-BETA.deb

So, ich dachte ich probiere das ganze ohne deine genannten Schritte herkömmlich mal mit MariaDB aus. Auch da ist kein Datenbankzugriff möglich.

Ich habe dann meinen Rechner neu aufgesetzt um wirklich keine "Leichen" zu haben und habe wieder Mysql mit den von dir genannten Schritten ( https://stackoverflow.com/questions/51803216/lower-case-table-names-settings-in-mysql-8-0-12) installiert.

Ja, es funktioniert! - Gefreut, Rechner ausgeschaltet, gefrühstückt und dann wieder gestartet. - Und Geärgert!!!!
Erneut kein Datenbankzugriff möglich.

Ich habe dann das Verzeichnis .fakturama2 im Home-Verzeichnis gelöscht, Fakturama gestartet und den Datenbankzugang wieder eingegeben. - Läuft!
Rechner ausgeschaltet, eingeschaltet und... - Dantenbankverbindung kann nicht hergestellt werden.
Und so weiter, und so fort...
Das ganze ist reproduzierbar!
Ideen???

@rheydenr
Nachtrag: in der Datei 'com.sebulli.fakturama.rcp.prefs' sind neben den anderen Dingen die Zugangsdaten richtig hinterlegt. Geschrieben wird also in die Datei:
===
eclipse.preferences.version=1
isreinit=false
jakarta.persistence.jdbc.driver=com.mysql.cj.jdbc.Driver
jakarta.persistence.jdbc.password=MeinPasswort
jakarta.persistence.jdbc.url=jdbc\:mysql\://localhost/fakturama?useSSL\=false
jakarta.persistence.jdbc.user=root
jdbc_reconnect=true
====
Das Logfile sieht auch nicht besonders aussagekräftig aus:
===
eclipse.buildId=2.2.0.202412280017
java.version=17.0.2
java.vendor=Eclipse Adoptium
BootLoader constants: OS=linux, ARCH=x86_64, WS=gtk, NL=de_DE
Command-line arguments: -os linux -ws gtk -arch x86_64

!ENTRY com.sebulli.fakturama.common 4 0 2024-12-29 10:41:19.051
!MESSAGE c.s.f.LifecycleManager.checksBeforeStartup:158|couldn't create or update database!
===
Nur ist da jetzt gegenüber gestern eine andere Java-Version (17.02 vers. 17.013) genannt.
Es ist zum verzweifeln.

Ich versuche das mal bei mir nachzustellen. Klingt irgendwie seltsam...

Kannst Du bitte einen anderen Datenbank-User verwenden? (also nicht root) Außerdem hab ich bei mir den ssl-Schalter weggelassen. Probier das einfach mal komplett ohne Schalter.

FREUDE!!!!!
Es funktioniert! - Wunderbar und herzlichen Dank!!!
Ich habe einen neuen User für Msql mit allen Rechten angelegt - und es funktioniert auch nach einem Reboot.

Das ist doch mal ein Fall für das Handbuch.

sehr cool. Besten Dank für die Rückmeldung. Ich nehm das mal mit auf.