Ich kann es selbst beantworten. Es geht, wie hier beschrieben: https://www.fakturama.info/community/fakturama-2/datenuebernahme-nach-version-2-wie-mache-ich-das/#post-12302

Man kann einen Ordner mit den "alten" Daten anlegen und auch sinnvollerweise einen Ordner, wo die neuen Daten von Fakturame hineingeschrieben werden. Mein Problem war, dass die alten Daten beim ersten Start von Fakturama2 noch nicht auf dem PC verfügbar waren. Es konnte also kein Arbeitsverzeichnis mit den alten Daten zugewiesen werden. Später ging das nicht mehr. Eine Deinstallation und Neuinstallation brachte auch nichts. Erst als ich vor der Neuinstallation den Ordner .fakturama2 im entsprechenden Benutzer gelöscht hatte, konnte ich den alten und den neuen Arbeitsordner beim ersten Start von Fakturama2 zuweisen.

Windows löscht bei der Deinstallation von Programmen viele zugeordnete Daten nicht, was zuweilen bei einer Neuinstallation zu unerwünschten Effekten führen kann. Hier war das der Fall.