Hallo nurruk,
stehen in ~/.fakturama2/.metadata/.log (bei Linux / Mac OS) bzw. %USERPROFILE%.fakturama2.metadata.log irgendwelche Hinweise?

Kann ich nicht beurteilen, da ich nicht so fit bin mit Java.
Folgend die Log Datei in Auszügen. Die einzigen Hinweise sehe ich bei den MESSAGE-Einträgen. Hier eine Auszug

!SESSION 2018-08-02 10:09:48.253 -----------------------------------------------
eclipse.buildId=2.0.2.1
java.version=10.0.2
java.vendor=Oracle Corporation
BootLoader constants: OS=linux, ARCH=x86_64, WS=gtk, NL=de_DE
Command-line arguments: -os linux -ws gtk -arch x86_64

This is a continuation of log file /home/+++++++++++/.fakturama2/.metadata/.bak_0.log
Created Time: 2018-08-02 10:09:58.753

!ENTRY com.sebulli.fakturama.common 4 0 2018-08-02 10:09:58.753
!MESSAGE non-unique result found for property NUMBERRANGE_PROFORMA_NR
!STACK 0

!MESSAGE non-unique result found for property OPENOFFICE_ODT_PDF
!STACK 0

!MESSAGE non-unique result found for property OPENOFFICE_START_IN_NEW_THREAD
!STACK 0

!MESSAGE non-unique result found for property OPENOFFICE_ODT_PATH_FORMAT
!STACK 0

!MESSAGE non-unique result found for property OPENOFFICE_PDF_PATH_FORMAT
!STACK 0

!MESSAGE non-unique result found for property PRODUCT_USE_ITEMNR
!STACK 0

!MESSAGE non-unique result found for property PRODUCT_USE_QUNIT
!STACK 0

!MESSAGE non-unique result found for property PRODUCT_USE_DESCRIPTION
!STACK 0

!MESSAGE non-unique result found for property PRODUCT_USE_NET_GROSS
!STACK 0

!MESSAGE non-unique result found for property PRODUCT_SCALED_PRICES
!STACK 0

!MESSAGE non-unique result found for property PRODUCT_USE_VAT
!STACK 0

!MESSAGE non-unique result found for property PRODUCT_USE_WEIGHT
!STACK 0

!MESSAGE non-unique result found for property PRODUCT_USE_QUANTITY
!STACK 0

!MESSAGE non-unique result found for property PRODUCT_USE_PICTURE
!STACK 0

Irgend ein Hinweis warum es nicht funktioniert?

nein, nicht so richtig. Die Fehlermeldungen deuten darauf hin, daß irgendwelche Einstellungen doppelt sind. Hast Du evtl. die neue Version in das alte Arbeitsverzeichnis installiert?

Nein habe, habe das Arbeitsverzeichnis neu angelegt.

Hast Du versucht, das mehrfach zu installieren? Evtl. hilft es, wenn Du das Verzeichnis ~/.fakturama2 (bei Linux / Mac OS) bzw. %USERPROFILE%.fakturama2 löschst und dann nochmal neu installierst (vorher neu angelegtes Arbeitsverzeichnis auch noch wegräumen).